I think Red John is JJ Laroche. A lot hints to him. The name JJ Laroche may come from french laroche-la rouge, Red John. even Pruitt Taylor Vince the actor who portraits JJ is born in Baton Rouge....red again. 
He is smart,mysterious, sadistic, he has a high rank who give him access to all CBI cases, he shook hands with Jane,but they are not friends,jane hesitate to answer. And in the end Scott Sanay said red john..